为什么运行Linux启动映像时Clock Generation不起作用？

使用XPS上的Zynq自定义菜单，我将FCLK_CLK3设置为1 MHz，用于驱动可编程逻辑中的一个FFT内核。
FCLK_CLK0设置为100 MHz，除了驱动剩余的内核外，还用作Chipscope监视器的采样时钟。
通过监视CLK3信号，我检查时钟频率是1 MHz，因为我使用100 MHz采样频率每个时钟周期获得100个采样。
但是，这只有在我使用SDK将比特流下载到 FPGA时才会发生。
当我使用相同的'system.bit'创建Linux启动映像时，我得到CLK3的33 MHz的频率（可能是输入时钟频率）。
我无法理解为什么会发生这种情况，因为位文件是相同的，PS初始配置应该只受该内容的影响。
关于如何正确配置可编程时钟的任何提示？我迫切需要纠正这种行为！
谢谢，
P.S。：我正在使用Zedboard和Xilinx 14.3开发工具。